وعن خط سير سفينة الخضر، يوضح الدكتور عبدالرحيم ريحان أن أحداث التاريخ تؤكد أن السفينة كانت قادمة من خليج السويس وفي طريقها لخليج العقبة، وذلك لوقوع خليج السويس تحت سيادة مصر القديمة، الدولة ذات النفوذ الكبير بالمنطقة، والتاريخ المصري لم يسجل أي أعمال قرصنة في البحار. بينما يختلف الوضع في خليج العقبة والبحر الأحمر، حيث كانت منطقة مهددة بأعمال القرصنة البحرية، وقد سجل التاريخ في غضون العام 1200 قبل الميلاد حدوث إضرابات في منطقة الشرق الأدنى القديم بسبب هجرات الشعوب الهندو-أوروبية.
كما أن البحر الأحمر عرف منذ أقدم العصور كأحد طرق التجارة القديمة، وسجلت الآثار المصرية سفناً لم تكن معروفة في وادي النيل، ووفدت إلى مصر شعوب في هذه السفن، ووصلوا من الجنوب ومن الشرق واتخذوا طريق القصير- قفط في رحلاتهم وسجلوا، رسوماً لسفنهم على صخور بعض دروب الصحراء الشرقية.